El autodenominado pastor Paul Nthenge Mackenzie y otros 94 sospechosos se declararon «no culpables» de los cargos de radicalización ante una corte de la ciudad de Mombasa, en el sureste del país.
El líder de la secta fue también acusado de «actividad criminal organizada», según documentos judiciales consultados por la AFP.
Mackenzie, un exconductor de taxi, es acusado de incitar a sus seguidores a morir de hambre para «encontrar a Jesús», en un caso que conmocionó al mundo.
El hombre fue detenido en abril luego de que se encontraron cadáveres en un bosque cerca de la costa del océano Índico.
Su detención preventiva fue prolongada varias veces a lo largo de la investigación.
Hasta la fecha se han encontrado 429 cadáveres.
Las autopsias revelaron que la mayoría de las víctimas murieron de hambre mientras otros, incluyendo niños, habrían sido estrangulados, golpeados o asfixiados.
Los macabros hallazgos llevaron al gobierno a plantear la necesidad de establecer mayores controles sobre denominaciones religiosas, en un país con una historia de pastores autoproclamados.